دکتر محسن رضایی: وقتی سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی را تشکیل دادیم، قصد نداشتیم به‌زودی فعالیت سیاسی‌مان را کنار بگذاریم. فکر می‌کردیم لااقل در یک دورة چندساله فعالیت سیاسی را ادامه خواهیم داد، اما در تفسیر فعالیت سیاسی بین شورای مرکزی سازمان اختلاف پیش آمد. گروهی از دوستان به سازمان نگاه حزبی داشتند، ولی گروه دیگری که من هم جزء آن بودم، به سازمان نگاه انقلابی داشتیم. البته، هر دو گروه موافق شرکت در انتخابات بودند. لذا در اولین جلسه که بحث انتخابات ریاست‌جمهوری مطرح شد، در شورای مرکزی در چند جلسه به این نتیجه رسیدیم که آیت‌الله خامنه‌ای را به‌عنوان کاندیدای ریاست‌جمهوری معرفی کنیم. من و آقای قاضیانی مأمور شدیم که با ایشان صحبت کنیم. هر دو به خانه ایشان در خیابان ایران رفتیم. هنگامی‌که موضوع را با آیت‌الله خامنه‌ای مطرح کردیم، قبول کردند و گفتند آیت‌الله بهشتی مقدم بر من هستند. شما با ایشان صحبت کنید.
وقتی گزارش دیدار را به شورای مرکزی دادیم، آنها پیشنهاد را نپذیرفتند. از آیت‌الله خامنه‌ای دعوت شد و در محل سازمان در خیابان مجاهدین روبه‌روی مجلس فعلی با ایشان جلسه گذاشتیم، ولی آیت‌الله خامنه‌ای همچنان بر نظر خود اصرار داشتند. بعد از رفتن ایشان، شورای مرکزی بحث روی آیت‌الله بهشتی را ادامه داد، ولی متأسفانه ایشان رأی کافی را کسب نکردند. بعداً روی افرادی مثل جلال‌الدین فارسی و آقای دکتر هادی به‌عنوان نامزدهای سازمان بحث شد که آن‌هم مشکلاتی را پیش آورد.
به‌موازات فعالیت‌های سیاسی، حوادث علیه انقلاب اوج گرفت و اختلافات درون‌سازمانی را تشدید کرد. گروهی که طرف‌دار رفتار حزبی ازسوی سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی بودند، به این حوادث واکنش مناسب نشان نمی‌دادند، ولی گروه ما از خود بی‌تابی بیشتری نشان می‌داد. لذا در اولین دعوتی که برای تشکیل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی از سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی شد، من و آقایان الویری و فروتن انتخاب شدیم و در گروه دوازده‌نفره‌ای که آقای هاشمی به نمایندگی از شورای انقلاب شکل داده بود، شرکت کردیم، ولی در آنجا هم سازمان با ادغام‌شدن در سپاه مخالف بود.
حادثة کردستان که اتفاق افتاد، دوباره همین سؤال مهم برای من مطرح شد که آیا می‌توانیم کارهای درازمدت را ادامه بدهیم و به حوادث انقلاب کاری نداشته باشیم؟ کمی جلوتر رفتیم و اساسنامه سپاه را تصویب و شورای فرماندهی و فرمانده سپاه را هم معین کردیم. من دوباره به فعالیت سیاسی در سازمان برگشتم، چراکه فکر می‌کردم باید فعالیت‌های سیاسی را به‌صورت نیمه‌مخفی و نیمه‌علنی ادامه دهیم تا اگر کودتایی شد، یا اگر منافقین دست به اسلحه بردند ما با تشکیلات سازمان در یکی دو ماه دوباره انقلاب را به روال خود برگردانیم. لذا به‌محض اینکه اساسنامه سپاه را نوشتیم و اعضای شورای فرماندهی معین شدند، به سازمان برگشتم و در مدت زمان کوتاه، تقریباً به اکثر شهرهای کشور رفتم. به مازندران رفتم، به شیراز رفتم.
شعبات سازمان مجاهدین انقلاب را در استان‌ها تشکیل دادم. مثلاً در شیراز آقای نوری و آقای [کوروش] شیرازی را پیدا کردم و با ایشان جلسه گذاشتم. در مازندران هم چند گروه پیدا کردیم و چون آقای مرتضایی قبل از انقلاب دانشجوی دانشگاه بابل بود، دوستانِ ایشان را پیدا کردیم و آنها را هم یک شعبه کردیم. تقریباً به هشت‌تا استان رفتم. به کردستان رفتم. در بوکان، از قبل از انقلاب، یک هسته داشتیم. درحالی‌که به استان‌ها و شهرستان‌ها می‌رفتم، ترورهای گروه فرقان اتفاق افتاد و در اردیبهشت‌ماه 1358، آیت‌الله مطهری به‌دست این گروه شهید شد. دوباره این سؤال جدی‌تر برای ما مطرح شد که چه باید کرد؟ تعدادی از دوستان، مانند آقای قاضیانی، آقای نوری و بعضی دیگر را آماده کرده بودیم که وارد بحث برخورد با منافقین شویم.
ترور شهید مطهری به من ثابت کرد اوضاع کشور به‌زودی به‌هم می‌خورد و باید کاری کرد. تصور می‌کردم اگر شهادت استاد مطهری یک برنامه و خط باشد اکثر سران انقلاب شهید خواهند شد و کشور و انقلاب با بحران مواجه می‌گردد. لذا دیگر تأخیر نکردم و بدون مطرح‌کردن موضوع با شورای مرکزی سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی، به سپاه برگشتم.
ابتدا قصد داشتم با شور و مشورت اعضای مرکزی، سازمان را به یک نهاد اطلاعاتی تبدیل کنیم، اما به چند دلیل این کار را نکردم؛ اولاً، سازمان مجاهدین انقلاب هنوز در بحث‌های اولیه ـ اساسنامه و اصول و مرامنامه ـ بود و تشکیلات آن در استان‌ها ضعیف بود. ثانیاً، چون ظرفیت حکومتی نداشت، در مواجه با تروریست‌ها از پشتوانه قضایی برخوردار نبود. بنابراین، نزد آقای جواد منصوری رفتم و گفتم می‌خواهم در سپاه پاسداران انقلاب اسلامی فعالیت کنم. ایشان
ابتدا ریاست دفتر سیاسی سپاه را به من پیشنهاد داد، من قبول نکردم و گفتم انگیزة آمدن من به سپاه خنثی‌کردن جریانات امنیتی و ضدانقلابی است. می‌خواهم واحد اطلاعات سپاه را به وجود بیاورم. ایشان کمی تعجب کرد، ولی چون از آمدن من به سپاه بسیار خوشحال بود، مخالفت نکرد. گفت‌وگوی جالبی بین من و ایشان انجام شد که بعداً به آن اشاره می‌کنم.
ارتباط من با سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی کم‌کم ضعیف شد و مرتب اعضای شورا به من انتقاد می‌کردند که چرا به جلسات شورای مرکزی نمی‌روم. به آنها گفتم شما هر تصمیمی بگیرید من قبول دارم. کار مهمی در سپاه دارم. البته، به چند تن از اعضای منصورون مثل قاضیانی و مرتضایی می‌گفتم که دارم چه کار می‌کنم، زیرا آنها هم مثل من فکر می‌کردند و با من همراهی قلبی و اعتقادی داشتند.
کم‌کم اختلافات من با سازمان مجاهدین انقلاب بالا گرفت. اولین اختلاف من بر سر نماینده امام بود. گروه آقای بهزاد نبوی معتقد بودند نماینده امام باید صرفاً ناظر و ناصح باشد. گروه دیگری که آقای قاضیانی محورشان بود، معتقد بودند که باید رهبری سازمان برعهده نمایندگی حضرت امام باشد. من با نظر گروه بهزاد نبوی کاملاً مخالف بودم، ولی نظر آقای قاضیانی را هم کمی تند می‌دانستم. پس از مدتی، متوجه شدم بهزاد نبوی بسیار ماهرانه افکار و عقاید خود را از پشت صحنه سازمان به جمع دیکته می‌کند و آن را به‌سوی یک حزب تمام‌عیار هدایت می‌کند. آنها افرادی را وارد وازرتخانه‌ها می‌کنند و از آنها می‌خواهند هرنوع تصمیم دولت را ابتدا دراختیار سازمان مجاهدین انقلاب قرار دهند.
حتی از من می‌خواستند اوضاع سپاه پاسداران را مرتب به آنها گزارش بدهم، وقتی دیدند حریف من نمی‌شوند دیگر چیزی نگفتند، ولی از بقیه می‌خواستند اطلاعات دستگاه‌ها را دراختیار آنها قرار دهند. هرچه جلوتر رفتیم زاویه من با آقایون بیشتر شد. درنهایت، اختلافات من با شورای مرکزی سازمان مجاهدین انقلاب بالا گرفت و منجر به استعفای من گردید. در خردادماه 1360، شفاهاً به آنها گفتم دیگر روی من حساب نکنید. متن استعفانامه‌ای را هم تنظیم کردم و چند ماه بعد در شهریورماه به آنها دادم.
متن استعفای دکتر رضایی از سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی در تاریخ 1360/6/10
بسم‌الله‌الرحمن‌الرحیم
برادران عزیز شورای مشورتی سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی:
از مدت یک‌سال و نیم پیش که استعفای موقت کردم و سازمان نپذیرفت، مسائلی را یادآوری کردیم که متأسفانه یا توجهی به آنها نشد و یا اقدام ضعیفی به جهت رفع آنها صورت گرفت.
اکنون که بار دیگر احساس کرده‌ام نمی‌توانم ارتباطات خود را با سازمان حفظ کنم پس از دادن توضیحات شفاهی به رابطم با سازمان، ارتباطم را قطع کرده‌ام. دلایل این کار مسائل زیر است:
1. اساسی‌ترین مسئله برای من حفظ امنیت انقلاب است و تا زمانی‌که پایه‌ها و اساس جمهوری اسلامی استقرار لازم را نیافته، از این ناحیه احساس خطر می‌کنم و لذا بر خود می‌دانم که در این جهت نیرویم را صرف رضای خداوند بکنم و چون سپاه پاسداران ارگانی است که این آرمان را دربر دارند، لذا در سپاه مشغول شده و به کارم ادامه خواهم داد و چون حجم کار روزمره من زیاد است، دیگر قادر نیستم که انتظارات سازمان را برآورده کنم.
2. دومین مسئله مسائل درون سازمان است:
الف ـ تعصب سازمانی پیداکردن بعضی اعضا و سازمان را محور قراردادن و اصیل‌ترین حرکت دانستن.
ب ـ بعضی از برادران که مایه‌های نهضت آزادی و تفکر روشنفکری دارند، بهای لازم را به روحانیت به‌منظور پیداکردن پایگاه سیاسی ـ اجتماعی نمی‌دهند. در آینده اثرات این مسئله روشن خواهد شد، زیراکه رهبری انقلاب باید دست روحانیت و مرجعیت باشد، حال آنکه احزاب سیاسی قصد قبضه‌کردن این پایگاه را دارند.
ج ـ سازمان تاکنون نتوانسته هدایت سیاسی خوبی و به‌موقع برای مردم و اعضای خودش داشته باشد. افراط‌کاری‌هایی که در زمان بنی‌صدر شد. اقدامات سیاسی عجولانه که حتی باعث ناراحتی امام هم شد.
د ـ ترجیح مصالح سازمان بر مصالح حکومتی و اجبار به اعضای خود که در ارگان‌های مملکت هستند به اینکه در انجام امورات حتماً باید نظر سازمان را اعمال کنند و حتماً باید گزارش کار به سازمان بدهند اگرچه مسائل سرّی باشد، حال آنکه این جریان غیرشرعی است.
ه ـ خط مشی و استراتژی سازمان درحالی‌که در کنار حکومت قرار دارید و به‌موازات آن درحال رشد می‌باشید هیچ مشخص نیست و به همین دلیل، در مقابل حوادث که پیش‌بینی آن را نکرده‌اید و احساس تکلیف درجهت رفع آن می‌کنید، از کارهای سازمان کم می‌کنید و به‌کمک حکومت در رفع حوادث می‌کوشید و اگرچه سعی می‌کنید که از این کمکتان اعتبار و رشدی برای سازمان به وجود آورید، اما به‌غایت و به‌دلیل عدم پیش‌بینی حوادث آینده، شما احتمال برخورد با یک بحران سازمانی ناشی از این عکس‌العمل برخوردکردن را خواهید داشت.
و ـ سازمان با اصرار در بعضی امور باعث ایجاد اختلاف در خط امام کرده است؛ ازجمله وزیر کشور شدن بهزاد و مخالفت با وزیر بازرگانی آقای عسگراولادی.
ی ـ همیشه از ابتدای انقلاب تاکنون سه گروه از مبارزین برعلیه رژیم سلطنتی قادر نبودند آن‌طور
که باید، ضروریات انقلاب را درک و بر انقلاب تطبیق صحیح و کامل یابند که عبارت‌اند از:
الف) گروهی که در خارج از کشور بودند و با پیروزی انقلاب به میدان آمدند؛
ب) گروهی که در زندان بودند و با پیروزی انقلاب آزاد شدند؛
ج) گروهی که در احزاب و سازمان‌های سیاسی بودند و با پیروزی انقلاب به انقلاب معتقد شدند. این گرو‌ه‌ها که در خط امام هم از آنها هست، متأسفانه تا حالا، علی‌رغم عقل و علم و داشتن برجستگی‌ها و ویژگی‌های سیاسی تاکنون یا سدّ انقلاب شدند و یا به انقلاب ضربه زدند و متأسفانه خط سازمان را برادرانی که در گروه‌های فوق بودند تعیین می‌کنند و به‌دلیل داشتن عقل و علم و ویژگی‌های سیاسی بر تصمیم‌گیری‌های سازمان تأثیر دارند که قطعاً در آینده سازمان ایجاد اشکال خواهد کرد.
پیشنهاد: به نظر من، دو راه‌حل در مقابل سازمان است:
1. سازمان در مسیر حکومت قرار گیرد، فعالیت سیاسی را قطع و اعضای خود را در ارگان‌های حکومتی توزیع کند.
2. راه‌حل دوم که با حزب جمهوری اسلامی سریعاً یک جبهه واحد اسلامی تشکیل دهد و مسائل زیر را نیز در درون تشکیلات و سازمان حل کند:
1. تعیین هرچه سریع‌تر خط مشی سازمان و استراتژی آن با درنظرگرفتن مسائل زیر:
الف) خطری که در ابتدای تشکیل سازمان برای انقلاب وجود داشت و سازمان برای تحقق آن، یعنی هدایت سیاسی اجتماع براساس خط امام به‌وجود آمد، به‌مقدار زیادی حل شده است و حکومت و ارگان‌های آن اعتبار لازم برای ادامة آن پیدا کرده‌اند.
ب) حل تناقض کار اجرایی در ارگان‌های حکومتی و کار سازمانی و نیاز حکومت به اعضای کارآمد و نگه‌داشتن برادران در مسائلی که هنوز قادر به حل مسائل آن نشده‌اید ازجمله تدوین مسائل اعتقادی.
ج) نقش بیشتری دادن به نماینده امام در تعیین خط سیاسی سازمان.
د) تعیین موضع صحیح نسبت به نقش سیاسی ـ اجتماعی روحانیت و تلاش درجهت تقویت آن.
2. تعیین تکلیف شرعی برای تبیین حقوق سازمانی نسبت به حقوق حکومتی.
البته، من معقتد بودم که با وجودم در سازمان می‌توانستم به‌دلیل پذیرش برادران، مسائل فوق را با شما در مدت اگرچه طولانی هم حل کنم، ولی به‌دلیل احساس ضرورت کار در سپاه دیگر قادر نبودم که به سازمان بیایم. امیدوارم که خداوند متعال ما را در حل مسائل اسلامی و سیاسی روز توانا بسازد و هرچه سریع‌تر با ظهور امام عصر حضرت مهدی(عج) دنیای غارتگر و ضدبشری را سرنگون و مسلمین و مستضعفین را نجات دهد و عدل اسلامی را در تمام دنیا بگستراند.
به امید ظهور امام زمان
برادرتان ـ محسن رضایی
جواد جمالی: بله، در اواخر خرداد و اوایل تیرماه بود. همین حدود بود.
دکتر رضایی: بله، جلسه‌ای برگزار شد.
جمالی: و شما در آن صحبت کردید و دعوا شد.
دکتر رضایی: بله، دعوا شد. اول من استعفا دادم، بعد آقایون اعتراض کردند و گفتند باید بیایی و علت استعفا را توضیح بدهی و تا توضیح ندهی استعفایت را قبول نمی‌کنیم. من انتقاداتم را صریح بیان کردم و گفتم شما دو اشکال دارید: اول، با روحانیت فاصله می‌گیرید؛ دوم می‌خواهید سازمان را اصل کنید و حکومت برای شما فرع است. به افراد می‌گویید اطلاعات داخل حکومت را برای ما بیاورید تا آنها را تجزیه‌وتحلیل کنیم.
واقعاً ببینید حساسیت‌ها در آن موقع چطور بود و الآن اوضاع چطور است [با خنده] در آن موقع این‌قدر اصل حکومت برای ما مقدس بود و اصالت داشت که از این رفتارها ناراحت بودیم ـ و این نگرانی در متن استعفایم هست ـ و به دوستان می‌گفتم شما به افرادتان می‌گویید اخبار داخل حکومت را بیاورند تا در سازمان بنشینیم و آنها را تجزیه‌وتحلیل کنیم و تصمیمات سازمان را ببرید در داخل حکومت اجرایی کنید. پس معلوم است برای شما حکومت فرع و سازمان اصل است، درحالی‌که ما انقلاب کرده‌ایم برای اینکه حکومت تشکیل دهیم. و امروز باید از انقلاب و حکومت دفاع کنیم و خود را فدای انقلاب کنیم نه آنکه انقلاب و نظام را فدای خود سازیم.
البته در این استعفا واقعاً انگیزة اصلی من مقابله با خطراتی بود که احساس می‌کردم برای انقلاب درحال وقوع هستند. من می‌توانستم هم در سازمان باشم و درعین‌حال این اختلاف فکرها و درگیری‌ها ادامه داشته باشد. چون جزء بنیان‌گذاران سازمان بودم و این‌قدر طرف‌دار داشتم که در آنجا بمانم و با انحرافات مقابله کنم، اما خطراتی که برای مردم و انقلاب پیش آمده بود،تنها ازطریق سپاه پاسداران قابل رفع بود.
علت اینکه من بعد از تدوین اساسنامه سپاه به سازمان برگشتم، این بود که هنوز در آن موقع به نتیجه نرسیده بودم که با تشکیلاتی غیراز سازمان، می‌شود جلوِ کودتا و منافقین و شورش‌ها ایستاد، اما ترورهای گروه فرقان و غائله کردستان من را به جمع‌بندی رساند که سرعت حوادث آن‌قدر زیاد است که سازمان [مجاهدین انقلاب اسلامی] تا سه سال دیگر هم در سراسر کشور آماده نمی‌شود تا بتواند کار بزرگی کند و لذا می‌ترسیدم موقعی سازمان به خودش بیاید [که] دیگر از انقلاب خبری نباشد و چیزی از آن باقی نمانده باشد. بعداً که به سپاه رفتم و شروع به مبارزه با ضدانقلاب کردم، دیگر امکان بازگشت به سازمان مجاهدین انقلاب وجود نداشت.
درحقیقت، انگیزة اصلی استعفای من این بود. منظورم این است که کم‌کم ارتباط من با سازمان قطع شد و استعفا دادم و بیرون آمدم.
در جلسه شورای مرکزی سازمان درباره استعفای من بحث‌های بسیار زیادی شد. حرف اصلی آقایون این بود که شما نباید از سازمان بروید، می‌توانید در اطلاعات سپاه باشید، ولی ارتباط با سازمان را هم داشته باشید. دوستان به من می‌گفتند ما حرف‌هایی که شما درباره نظر سازمان درخصوص روحانیت می‌زنید یا می‌گویید سازمان برای ما مهم‌تر از حکومت است را قبول نداریم و قابل بحث است. بالاخره به توافق نرسیدیم و از سازمان بیرون آمدم و بعد سازمان در پاسخِ استعفای من چیزی نوشت.
اکبر عبداللهی: آن نامه دست من بود، ولی حالا نمی‌دانم کجاست. همة آنها هست. من همة حوادث را در یک دفتر وقایع‌نگاری کرده‌ام. خیلی حیف است اگر این دفتر پیدا نشود، چون در آن، تمام وقایع روزانه ثبت شده است.
"لینک صفحه دکتر رضایی در اینستاگرام" 
"کانال تلگرام دکتر رضایی را دنبال کنید" 