با پیروزی انقلاب ایران شهید مهدی باکری نقش فعالی در سازماندهی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی داشت. با شروع جنگ ایران و عراق ازدواج کرد و بلافاصله پس از ازدواج (روز بعد از ازدواجش) عازم جبههها شد.
خاطرات دکتر محسن رضایی از شهید مهدی باکری
1.
» مهدی باکری، گمنامترین شهید جنگ2.
» تاثر آقا محسن از خبر شهادت آقا مهدی و پیام امام/اگر کار برای خدا باشد که شکست ندارد 3.
» راز دجله چه بود؟4.
» راز اشکهای محسن رضایی برای مهدی باکری5.
» روایت شهادت آقا مهدی از زبان آقا محسن مهدی باکری در مدت کوتاهی مدارج ترقی را در جبهه طی کرد. در عملیات فتح المبین با عنوان معاون تیپ نجف اشرف توانست در کسب پیروزی موثر باشد. در همان عملیات از ناحیه چشم مجروح شد. پس از بهبود به جبهه بازگشت و در عملیاتهایی چون عملیات بیتالمقدس، رمضان، مسلم بن عقیل، والفجر مقدماتی، والفجر ۱ تا چهار و عملیات خیبر در سمتهای مختلف شرکت کرد. در مجموعه عملیاتهای والفجر با عنوان فرمانده لشکر عاشورا در جبهه حضور داشت.
در عملیات خیبر زمانی که خبر کشته شدن برادرش را به وی دادند، بدون ابراز اندوه با خانوادهاش تماس گرفت و چنین گفت :
شهادت حمید یکی از الطاف الهی است که شامل حال خانواده ما شدهاستدر حین عملیات بدر و در حالی که نیروهای عراقی با محاصره کامل سربازان تحت امر باکری در جزیره مجنون در حال زدن تیر خلاص به سربازان مجروح باقیمانده بودند، احمد کاظمی و محمود دولتی با اصرار از وی میخواهند که با عبور از دجله و پیمودن فاصله۷۰۰ متری که میان خط اول و خط دوم حمله جان خود را نجات دهد؛ ولی این درخواست هر بار با جواب منفی وی روبرو میشد تا اینکه بر اثر اصابت مستقیم گلوله سربازان عراقی در تاریخ ۲۵ اسفند ۱۳۶۳ به درجه رفیع شهادت نائل گردید.